Ciò in cui Metroid Fusion eccelle più di ogni altro titolo Nintendo è mettere in soggezione il giocatore per tutta la durata del gioco costruendo, dettaglio dopo dettaglio, un'atmosfera veramente ansiogena e a tratti angosciante.

Si percepisce vividamente la sensazione di essere intrappolati in una navicella spaziale assieme ai predatori più pericolosi dell'universo, dove la minaccia più grande è rappresentata da SA-X, che non è altro che la Samus di Super Metroid al massimo dei suoi poteri. Tu sai bene quanto è potente SA-X, e sai benissimo quanto possa essere pericolosa come macchina omicida senza pietà. E proprio quando pensi di stare diventando abbastanza forte da poterla affrontare - ecco la rivelazione peggiore: ci sono almeno 10 SA-X a bordo, per via della riproduzione asessuata dei parassiti X. Un esercito di killer che minaccia l'intero universo - tu sei l'unico a poterli sconfiggere, all'interno di quella navicella tanto ostile, dove l'unica cosa che ti è amica è il freddo computer di bordo.Nel corso del gioco poi, c'è un sacco di foreshadowing verso i boss successivi: all'inizio dell'avventura vedi il corpo di Ridley congelato, tempo dopo vedi gli X che lo divorano e fuggono via verso un'altra parte della navicella. Dovrai sconfiggere quel mostro.
Ma è Nightmare/Incubo l'esempio meglio riuscito: la prima volta che visiti il settore 5 sembra tutto a posto. Alla seconda visita vedi un'ombra oscura muoversi minacciosamente nello sfondo e far tremare lo schermo ad ogni suo passaggio. Alla terza visita il settore è completamente distrutto e ci sono buchi enormi nelle pareti, lasciati da una creatura la cui furia sembra non conoscere fine. Quando finalmente arrivi faccia a faccia con lui, ti rendi conto quanto sia disgustoso il mostro che devi sconfiggere.Che gioco, signore e signori.